Obec Bratrušov se z větší části nachází v Šumperském údolí, na severní část zasahuje Hanušovické údolí. Krajina je výrazně zvlněná až členitá a řadí se mezi lesozemědělské krajiny. Charakter okolní krajiny je tvořen především mírným údolím bratrušovského potoka, který se severně zvedá k nejvyššímu vrcholu obce Smrk (742 m n. m). Obec spadá do Šumperského bioregionu. Do obce zasahuje systém Natura 2000 - ptačí oblast Králický Sněžník. Severní částí obce prochází dálkový migrační koridor. Na území katastru se nachází jeden památný strom Pollnerova hrušeň a 4 vyhlídkové body. Prochází tudy nadregionální biokoridor K91, který doplňuje soustava lokálních biokoridorů a biocenter rozmístěných v celém katastru.